睡眠呼吸暫停綜合徵的病因複雜多樣，它與呼吸、心血管、神經系統及耳鼻喉科關係密切，可以是許多疾病的原因，也可以由其他疾病引起，在診斷的時候要積極查找病因，以便進行針對性的治療。
常見的病因有：
(1)遺傳因素：
1)先天發育異常。
2)家族性遺傳。
3)種族不同。
4)性別差異。
(2)上氣道解剖狹窄：
1)鼻部疾患：鼻息肉，中隔偏曲，過敏性鼻炎或上呼吸道感染引起的粘膜充血。
2)軟齶低垂。
3)懸雍垂增粗、增長。
4)扁桃體及腺樣體增生肥大。
5)咽喉部軟組織肥厚，脂肪沈積。
6)舌體肥厚，舌根後墜。
7)下頜退縮，小頜畸形。
8)咽喉部腫瘤，如淋巴瘤、喉癌。
9)頸短粗。
(3)呼吸系統疾病：伴二氧化碳瀦留(血中二氧化碳超過6千帕)的慢性支氣管炎、肺氣腫。
(4)內分泌系統疾病：
1)肥胖。
2)甲狀腺功能減退。
3)肢端肥大症。
4)腎上腺皮質增生。
5)全垂體機能減退。
(5)肌肉骨骼疾患：
1)小兒麻痹後遺症。
2)肌肉萎縮。
3)脊髓側索硬化症。
4)脊柱變形。
(6)自主神經功能不全(植物神經系統病變)。
(7)中樞神經系統疾病：
1)腦梗塞。
2)顱外傷。
3)腦幹腦炎後遺症。
4)腦幹腫瘤。
(8)心血管系統疾病：冠心病、心肌病、慢性高血壓、腎功能衰竭引起的心功能不全。
總而言之，睡眠呼吸暫停發生的關鍵是上氣道的阻塞，引起上氣道塌陷的原因中，既有上氣道解剖上的狹窄，也有上氣道及全身功能上的缺陷，全面瞭解這些病因，對指導進一步的治療十分重要。
睡眠呼吸暫停綜合徵的發病是一個漸進的過程，常常是幾種病因共同起作用的結果，特別是在以下誘發因素的作用下，病情會明顯加重。
(1)體重增加：大約2／3以上的睡眠呼吸暫停綜合徵患者有肥胖史，男性在35歲以後，體重明顯增加，呼吸暫停發生率也隨之上升；如果體重減輕5千克，病情將明顯改善。
(2)老年：睡眠呼吸暫停綜合徵患病率隨年齡增加呈上升趨勢，中樞型睡眠呼吸暫停所占的比例增加。由於老年人患心、肺、腦疾患的比率增加，睡眠呼吸暫停引起的缺氧對心、肺功能的影響更明顯，後果更加嚴重。
(3)上呼吸道感染：感冒可導致鼻、咽喉部粘膜充血、水腫，扁桃體發炎，加重上呼吸道阻塞，使單純打鼾者出現睡眠呼吸暫停，睡眠呼吸暫停綜合徵患者症狀加重。
(4)心臟病：慢性或急性心臟功能不全可以引起中樞型睡眠呼吸暫停。
(5)仰臥位睡眠：仰臥位睡眠時舌根後墜，易堵塞上氣道，側臥位睡眠有利於改善病情。
(6)飲酒、服用安眠藥：睡前飲酒或服用安眠藥可以誘發睡眠呼吸暫停，延長呼吸暫停時間，對肥胖者及老年人的呼吸抑制作用尤其明顯。
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